もっとも大きく異なる点の一つは、モンテッソーリのエレメンタリークラスでは、一人ひとりの子どもを主体とした学習が展開されることです。皆が同時に一方向的に同じ情報を与えられる形式ではなく、教師の観察と助言を得ながら、一人ひとりが自分の成長ペースや興味を基に、丁寧に組まれた活動で学習を行います。
個人プロジェクト、グループプロジェクト、校外学習活動の企画、専門家を招いたインタビューイベントの企画、美術展の企画など、様々な学習機会において、自分で主体的に作っていく経験を通じて実践的に学習します。
教科ごとに分けられた教科書、大人による授業や、（一般の学校で採用されている）一時間単位で入れ替わりで異なる教科を学習する様な時間割システムではありません。
子どもの主体性を最大限に尊重した環境でありながらも、学習の進行は一般の学校に比べ総じて早く、一般の学校の２年生や３年生の学習内容を、当スクールの1年生が学習することもあります。
子どもたちは、主体的に学習を進められるので、皆、ワクワクしながら楽しくお仕事に没入します。縦割りクラスや一人ひとり違うことを学習する環境で、他者との競争ではなく、子どもたちはお互いに教え与えたり共有したり、ポジティブな影響を与え合います。